Szata roślinna Bieszczadów ukształtowała się na przełomie okresu atlantyckiego i subborealnego (ok. 2400 lat p.n.e.). Od XIII w. datują się w bieszczadzkiej przyrodzie przemiany antropogeniczne, czyli wywołane działalnością człowieka. Zwłaszcza w XX w., po rozpoczęciu intensywnej eksploatacji lasów, zaburzeniu uległ skład gatunkowy drzewostanów, np. wzrósł udział iwy, olszy szarej i brzozy, które jako drzewa gorszej jakości nie były cięte. Obniżyła się też jakość lasów – pomijane przy wyrębie chore okazy dały początek nowej generacji drzew, u której objawiają się negatywne cechy dziedziczne, np. dwoistość strzały u buka.
Z kolei po ostatniej wojnie, gdy Bieszczady wyludniły się niemal w całości, dał się zaobserwować proces wtórnego zdziczenia przyrody. Opuszczone przez człowieka tereny rolne nad potokami i rzekami zajęła olsza szara, a partie wyżej położone – jałowiec. Niektóre śródleśne polany zalesiono przedplonową sosną i świerkiem. W szacie roślinnej Bieszczadów dominują lasy i tereny zadrzewione; zajmują one ponad 70% powierzchni, a w niektórych gminach (np. Cisna i Lutowiska) odsetek ten przekracza 80%.
W drzewostanie główną rolę odgrywa buk – 48% powierzchni; ponadto znaczny jest udział jodły – 23%, olszy szarej – 14%, sosny – 9% i świerka – 6%. Bieszczady odznaczają się swoistym układem pięter roślinnych, odmiennym niż w sąsiadujących z nimi od wschodu i zachodu częściach Karpat. Wyróżniamy zazwyczaj trzy takie piętra. Piętro pogórza daje się wyraźnie wyodrębnić jedynie w zachodniej części Przedgórza Bieszczadzkiego. Na południe od doliny Sanu zajmuje zaledwie ok. 5% powierzchni i ogranicza się wyłącznie do dolin rzecznych. Porastają je tzw. lasy grądowe – wielogatunkowe lasy liściaste z udziałem dębu, grabu, jodły i lipy. Piętro lasów liściastych, czyli regiel dolny, wykazuje zróżnicowanie na partię dolną i górną. Dolną tworzą lasy mieszane z jodłą, bukiem i świerkiem, natomiast górną – prawie czyste lasy bukowe, miejscami z domieszką jawora.
W piętrze połonin występującym na wysokości ponad 1200 m n.p.m., dominują zespoły ubogiej murawy i niskich krzewinek. Mniejszą powierzchnię zajmują zarośla olchy kosej i jarzębiny. Osobliwością florystyczną polskich Bieszczadów jest to, że górną granicę lasu tworzy regiel dolny – karłowate, płożące się buki o poskręcanych koronach. Brak zupełnie świerkowego regla górnego i piętra kosodrzewiny. Pojedyncze egzemplarze skarlałych świerków trafiają się gdzieniegdzie na zboczach północnych, a pojedyncze okazy kosodrzewiny i limby można znaleźć na terenie nadleśnictwa Baligród, gdzie najprawdopodobniej zostały przypadkowo wysiane przez człowieka w latach dwudziestych naszego stulecia.